Nội dung bộ sách có 28 tập, 66 quyển, khắc in được 26 tập, 55 quyển, thâu thái tinh ba của y học cổ truyền.
Lấy Nội kinh làm căn bản, lấy Cảnh Nhạc, Phùng Thị làm đề cương, tham hợp với các sách của tiên hiền như Nam dược thần hiệu, Hồng nghĩa giác tư y thư, Y học yếu giải tập chú, Hoạt nhân toát yếu, Bảo sinh diên thọ toản yếu, Bản thảo thực vật toản yếu, Bản thảo cương mục, Thọ thế bảo nguyên, Bảo xích toàn thư...
Tổng hợp kinh nghiệm của nhân gian, của người ngoại quốc, kết hợp với kinh nghiệm thực tiễn lâm sàng của bản thân, đúc kết thành một hệ thống lý, pháp, phương, dược khả dĩ thành một bộ giáo trình hoàn chỉnh cho người thầy thuốc Việt Nam thừa kế học tập.
VỀ PHẦN LÝ LUẬN CƠ BẢN
- Tập đầu: tựa đề năm 1770 có: Mục lục của bộ sách, một tập thơ gọi là Y lý thâu nhàn, ngâm vịnh trong thời làm thuốc, một thiên Y huấn cách ngôn, dạy về y đức, một thiên Y nghiệp thần chương nói lên khái quát nội dung của bộ sách và thâu tóm những điểm chính của y thuật.
- Tập 1: Nội kinh yếu chỉ, trích ra nhiều điều căn bản của nguyên lý Nội kinh, xếp thành hệ thống dưới 7 chương: Âm dương, Hóa cơ, Tạng phủ, Bệnh năng, Trị tắc, Di dưỡng, Mạch kinh, kèm theo sự chú thích xác đáng của tác giả.
- Tập 2: Y gia quan miện (những vấn đề mấu chốt của nhà y) phân tích, tổng hợp lý luận cơ bản về âm dương, ngũ hành, tạng tượng, kinh lạc, khí huyết, chẩn đoán, mạch học bệnh lý và trị pháp.
- Tập 3: Y hải cầu nguyên (tìm hiểu nguồn gốc sâu rộng của y học) nên lên những quy luật chung nhất về sinh lý, bệnh lý và nguyên tắc trị liệu.
- Tập 4: Huyền tẫn phát vi (nói rõ về âm dương thủy hỏa), nói về tiên thiên thủy hỏa mệnh môn, cơ năng sinh lý và bệnh lý của chân thủy, chân hỏa cùng phép chữa, hầu hết vận dụng Lục Bát vị.
- Tập 5: Khôn hóa thái chân (những điểm trọng yếu về hậu thiên tỳ vỵ) nói về cơ năng tiêu hóa, tác dụng của khí huyết, bệnh lý và phép chữa, hầu hết vận dụng Bổ trung ích khí, Tứ quân, Tứ vật, Bát trân, Thập toàn, Quy tỳ, Nhân sâm dưỡng vinh.
- Tập 6: Đạo lưu dư vận (bàn thêm về y lý) biện luận và bổ sung những điểm y lý tồn tại mà các sách xưa chưa nói rõ hoặc chưa bàn đến.
- Tập 7: Vận khí bí điển nói về cách quan sát khí tượng, theo dõi chiều gió, đối chiếu với bệnh mùa tiết, về cách tính vận khí mỗi năm, mỗi mùa, đối chiếu với khí hậu và cách dùng thuốc theo thời tiết.
- Tập 8: Châu ngọc cách ngôn thâu tóm các điều thiết yếu về lý pháp phương dược, xây dựng quy tắc cho việc chẩn đoán, trị liệu.
VỀ PHẦN BỆNH HỌC, PHÒNG VÀ CHỮA
- Tập 9: Ngoại cảm thông trị (Thông trị bệnh ngoại cảm) bàn về đặc tính bệnh ngoại cảm (thương hàn) ở nước ta là xứ khí hậu nhiệt đới khác với bệnh ngoại cảm ở vùng hàn đới bên Trung Quốc dẫn đến cách xử phương, dụng dược có khác, thích hợp với bệnh tình và cơ thể người Việt Nam, kèm theo có những phương thuốc tân chế.
- Tập 10: Bách bệnh cơ yếu biện chứng luận trị tạp bệnh, gồm đủ các mặt lý, pháp, phương, dược (10 quyển, thất lạc 8, chỉ còn 2 quyển).
- Tập 11: Y trung quan kiện (then chốt trong nhà y) chỉ dẫn những điều cốt yếu, then chốt trong phương pháp chữa bệnh.
- Tập 12: Phụ đạo xán nhiên chuyên về phụ khoa (2 quyển).
- Tập 13: Tọa thảo lương mô chuyên về sản khoa.
- Tập 14: Ấu ấu tu tri (Yêu trẻ cần phải biết) chuyên về nhi khoa (5 quyển).
- Tập 15: Mộng trung giác đậu chuyên về bệnh đậu mùa (trái giống) với sự phân tích bệnh lý, phép chữa, kèm theo cách xử phương dụng dược, bệnh án (10 quyển).
- Tập 16: Ma chẩn chuẩn thằng chuyên về bệnh sởi (ban đỏ).
- Tập 17: Y dương án, ghi lại 17 bệnh án chữa khỏi.
- Tập 18: Y âm án, ghi lại 12 bệnh án tử vong (chưa từng thấy có ai khiêm tốn chân thành như vậy).
- Tập mới sưu tầm sau: Vệ sinh yếu quyết, chuyên về dưỡng sinh, phòng bệnh.
VỀ PHƯƠNG TỄ HỌC, DƯỢC VẬT HỌC.
- Tập 19: Tâm đắc thần phương, gồm 70 phương chọn lọc trong Phùng thị cẩm nang đã được kinh nghiệm tâm đắc, có phân tích y lý, dược lý.
- Tập 20: Hiệu phỏng tân phương gồm 29 phương thuốc hiệu nghiệm do tác giả mới sáng chế, ứng trị các tạp bệnh.
- Tập 21: Y phương hải hội, gồm 234 phương, gom góp các thang tễ và hoàn tễ trong các phương thư nhiều thì bớt đi, ít thì thêm vào, nhan đề là Nhật quyển, có chia rõ từng điều mục để cung ứng cho việc tham khảo.
Tập 22: Hành giản trân nhu (Những bài thuốc giản dị mà cần thiết) gồm 2210 nghiệm phương đơn giản, rút trong bản thảo của tiền y và sưu tầm trong dân gian, ứng trị 126 bệnh nội, ngoại, phụ, nhi khoa, nhãn khoa, thương khoa, cấp cứu (8 quyển).
- Tập 23: Bách gia trân tàng (những phương thuốc quý của mọi nhà) gồm 644 bài thuốc kinh nghiệm (một số thừa kế của ông ngoại, một số thu lượm trong dân gian kể cả của các giáo sĩ ngoại quốc, và một số được các thầy truyền hoặc bán lại cho) ứng trị về bệnh ngũ quan, bệnh xã hội và một số tạp bệnh (3 quyển).
- Tập 24: Dược phẩm vậng yếu ghi lên 150 vị thuốc thường dùng, phân loại theo ngũ hành, tương ứng với bệnh lý ngũ tạng, phương pháp bào chế, cách phối ngũ và công dụng (2 quyển).
- Tập 25: Lĩnh nam bản thảo (không đề tựa) ghi lên 400 vị thuốc Nam (tập thượng) biên tập theo bản Nam dược thần hiệu của Tuệ tĩnh, và quyển hạ ghi lên 305 vị được bổ sung về công dụng mới sưu tầm phát hiện thêm (2 quyển).
- Tập 26: Thượng kinh ký sự (Ký sự lên kinh) ghi lại cuộc hành trình của tác giả lúc về Thăng long chữa bệnh cho Trịnh Cán con của Trịnh Sâm (tựa đề năm 1783).